با توجه به گستردگی حوزه های پژوهشی و کاربردی زیست فناوری،این فناوری به زیر مجموعه هایی تقسیم شده است.در یکی از طبقه بندی های زیست فناوری،بخش های این فناوری با رنگ های گوناگون نام گذاری شده است که در ادامه با آنها آشنا خواهیم شد.
زیست فناوری قرمززیست فناوری قرمز شاخه مهم و پر کاربرد از زیست فناوری است که به حوزه پزشکی مرتبط است.روش های زیست فناوری به طور روزافزان در بوجود آمدن داروهای جدید نقش بزرگی ایفا میکند.طراحی ارگانیسم ها برای تولید آنتی بیوتیک و استفاده از مهندسی ژنتیک برای بهبود بیماری ها از طریق دستکاری ژنتیکی از دیگر کاربرد های این شاخه است.زیست فناوری همچنین در انواع روش های تشخیصی مانند (DNA-Chips) و ساختن حسگرهای زیستی بکار برده میشود.
زیست فناوری قرمز در برخی کشورها نظیر اتریش از مقبولیت بالایی برخوردار بوده و به عنوان یک فناوری کلیدی و پایه ای برای رشد انواع دیگر صنایع محسوب میشود
زیست فناوری سبز
زیست فناوری سبز در زمینه کشت گیاهان مدرن بکار گرفته میشود. در این زمینه با استفاده از متدهای زیست فناوری رزیدنت هایی در مقابل انواع پشه،قارچ،ویروس و علفکش ها تهیه میشود.تکنیک های ژنتیکی یکی از مهم ترین تکنیک ها در زمینه زیست فناوری سبز میباشد.تکنیک های ژنتیکی راهی است برای انتقال ژن ها از یک نوع گیاه به نوع دیگر و این طریق باعث ترویج رزیدنت ها میشود.
در این شاخه محققان برروی کاربرد های زیست فناوری در کشاورزی متمرکز اند که از آن جمله میتوان به اهلی سازی گیاهان با تغییر در اندازه ی آنها و تولید گیاهان تراریخت با توان رشد در محیط هایی با شرایط خاص یا توان مقابله با آفت ها از طریق وارد کردن ژن های اضافی به ژنوم آنها،اشاره کرد.
زیست فناوری خاکستری
زیست فناوری خاکستری در زمینه تکنیک های مربوط به محیط زیست کاربرد دارد.روش های زیست فناوری در بهینه سازی زمین،زدایش مواد زائد آب،تصفیه راه های عبور گاز و هوا و بازیافت مواد زائد و زباله ها مورد استفاده قرار میگیرد.
زیست فناوری سفید
زیست فناوری سفید بیش از همه در صنعت شیمی بکار برده میشود.از جمله وظایف زیست فناوری سفید تولید موادی مانند الکل،ویتامین،آمینواسید،آنتی بیوتیک و نیز آنزیم ها است که با توجه به اصول حفاظت از محیط زیست و منابع طبیعی تولید میشوند.در واقع از زیست فناوری سفید یا زیست فناوری صنعتی برای تولید مواد صنعتی از موجودات زنده و غالبا میکروارگانیم ها استفاده میکنند.
استفاده از آنزیم ها در مصارف صنعتی از دیگر کاربرد های این شاخه محسوب میشود.صنایعی که در انها زیست فناوری مورد استفاده قرار میگیرد عبارتنداز:صنایع شیمی و داروسازی،صنایع غذایی و تنقلات،صنعت بهرهبرداری مجدد از زباله های آبی،مواد زائد و زباله های حاصل از دستگاه های تصفیه هوا،تجهیزات تحقیقاتی در زمینه علوم طبیعتی و پزشکی.
زیست فناوری آبی
زیست فناوری آبی برای تشریح کاربرد های زیست فناوری در زمینه های دریایی و جانوران و یا گیاهان دریایی به کار میرود اما کاربرد آن بسیار محدود است.در واقع محققان در این شاخه بر روی موجودات آبزی و دریایی کار میکنند و موجودات بیولوژیکی در در آبهای کل جهان مد نظر این زمینه از زیست فناوری هستند.