سیاستگذاری علم و فناوری در حدود و مرزهای خود چالش‌های بی‌شماری دارد؛ چالش‌های گوناگونی از عرصۀ نظری (مانند تقابل و تضادهای موجود در مدل‌ها و نظریه‌های سیاستگذاری با واقعیت‌های موجود) گرفته تا حیطه‌های عملی (مانند نحوه‌های پیاده‌سازی و اجرایی کردنِ سیاست‌ها و ارزیابی پیامدشان).